Metodologia badawcza – zbiór zasad i procedur stosowanych w badaniach naukowych w celu uzyskania jak najbardziej wiarygodnych wyników.
Metodologia dzieli się na ogólną i szczegółową. Metodologię ogólną (logiczną) można określić mianem „metanauki”, czy też „nauki o nauce” – zajmuje się ona zasadami rządzącymi wszystkimi naukami. Z kolei metodologia szczegółowa to „reguły gry” obowiązujące w poszczególnych dyscyplinach naukowych. Możemy więc mówić o metodologii fizyki, geologii czy językoznawstwa jako sposobie przygotowania i przeprowadzania badań, a także wyciągania z nich wniosków i formułowania teorii na ich podstawie.
Inny podział dzieli metodologię na aspekt teoretyczny i pragmatyczny. Metodologia pragmatyczna zajmuje się metodami i procedurami stosowanymi w praktyce badawczej. Metodologia teoretyczna z kolei bada strukturę i elementy systemów naukowych.
Stale doskonalona metodologia badawcza stanowi klucz do coraz lepszej nauki. Naszą wiedzę o świecie jesteśmy w stanie poszerzać właśnie dzięki odpowiednio zaprojektowanym badaniom i systemowemu uporządkowaniu wyciągniętych na ich podstawie wniosków.